京都大學（KyotoUniversity）是繼東京大學之後成立的日本第二所國立大學。1892年，23位國會議員在向國會提出的一個議案中提出，日本僅有一所東京國立大學，缺乏競爭，對辦學和學生的培養都不利，建議在當時的西京京都建一所大學，1897年議案被透過，大學得以誕生，當時定名為京都帝國大學。初建時整個大學只有一個理工科分科大學，共有6個專業21個講座，學生不到500人，木下廣次為首任校長。數年之後，又增設了法科、醫科、文科等3所分科大學，這時全校已有5個分科大學。4年後新的大學令頒佈，分科大學改名為學部。法學部原有的法律學和經濟學分家，同時上升為學部。經過數年的努力，農學部和一些研究機構相繼成立，學校規模有了很大的發展，學生人數成倍增加，京都第三高中併入後，以此為基礎成立了人文學部，後發展成為今天的教養學部。戰後，按照新的教育法，全部實行新制，削去帝國大學中的“帝國”二字，清除軍國主義對京都大學的破壞和影響，包括實行男女共學，清理教師隊伍，廢除一些不合時宜的講座，增設教育學部、藥學部和一些研究所，研究生的教育得到了長足發展，對外開放門戶。這樣，就成了在日本僅次於東京大學的學科齊全、規模宏大的國立綜合大學。
京都大學與東京大學雖為日本東西兩方同等齊名的國立大學，但它們的傳統與辦學目標迥然不同。東大以培養治國人才為主；京大則以培養科學家見長。所以，儘管到目前為止京都大學只出過池田勇人一名首相，也少有著名的科學家活躍於日本政壇，但在科學研究方面，人才和成果都不少，因而被人們稱為“科學家的搖籃”。特別引以自豪的是，在1949—1987年的39年中，日本獲諾貝爾獎的7名得主中京大就佔4名（又有人說是四個半）：湯川秀樹、朝永振一郎、福井謙一、利根川進，多於東大。獲日本文化勳章和日本科學院獎以及其他方面獎勵的更是數不勝數，這些成就的取得同它的優秀傳統是分不開的。京大從創校以來就有理重於文的傳統，在全校的學部、研究所、教學與科研中心中理科明顯佔優勢。一向注重於學術上的高標準，尤以理科著稱，因而形成了自在特色的“京都學派”。人們曾這樣形容“京都學派”：京都大學的學者教授們“十分執著於理論研究，即使在常人看來芝麻一樣的小事，京大教授了會饒有興趣，只要合乎學術道理的，就會義無反顧地去做”。這個學派最早是京大文學部著名的哲學家西田幾多郎以及他的弟子田邊元、三木清等人倡導發起的，原意是指他們對日本哲學的研究有獨到的見解，後來日本學術界引伸為京都大學畢業出來的“不問實際，只管求知”的一群人。正是他們這種“興趣”和“執著”才使京大成了科學家的搖籃。
從機構的設定和科學研究的組織上也可以充分看出